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環境生命情報学分野
環境生命情報学分野では、環境微生物を対象とした学術ならびに応用学的研究テーマについて、フィールド研究からゲノム解析に至るまで幅広く取り組んでいます。研究室は分子生命科学研究施設になります。大学院は理工学研究科（生物系）の所属となりますが、他学部・研究科所属の学生の教育にも指導教員と相談の上で柔軟に対応しています。
嫌気環境下の微生物間共生に関する研究（新里）
下水処理プロセス等に見られる原生動物には、酸素の利用できない嫌気環境下において複数の原核生物を細胞内に住まわせる等、独特な共生関係を構築している例があり、本研究ではその代謝基盤や進化過程について研究しています。
サンゴ礁域の微生物に関する研究
（伊藤）
サンゴやモズクなどの生育には共存する微生物が重要ですが、それら微生物の具体的な機能は殆ど未解明です。微生物の培養や次世代シーケンス解析などの様々な手法を駆使して、それら微生物の生態と機能の解明に挑戦しています。
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